يدار قسم جراحة الأطفال والمسالك البولية للأطفال بمستشفى الأطفال الكائنة في شارع أمستردامر شتراسه في كولون بمعرفة كبير الأطباء البروفيسور الدكتور دكتور توماس م. بويمرس. حيث يعد القسم الذي يتضمن 80 سريراً أكبر قسم لجراحة الأطفال في ألمانيا. وهنا يتم سنوياً إجراء ما يزيد على 5000 جراحة بالتخدير.
بالإضافة إلى الآسرة المتوافرة في الأقسام العادية يتضمن القسم 4 آسرة للأطفال المصابين بحروق بالغة وقسم مراقبة الجراحة (آي إم سي) وبه 15 سريراً.
يعالج في القسم الأطفال والناشئين المصابين بأعراض أمراض أطفال تحتاج إلى جراحة وأمراض مسالك بولية للأطفال.
في مقدمة تخصصات القسم يوجد العلاج الجراحي في حالة التشوهات الخلقية والأمراض التي تحتاج إلى جراحات في حالة الولادة المبكرة والأورام الثابتة الإصابات والأمراض الجراحية العامة في أعمار الأطفال.
التخصصات العلاجية التي تتعدى النطاق المحلي توجد في مجال التشوهات المعقدة في الجهاز الهضمي والجهاز البولي والتناسلي وكذلك أيضاً تشوهات اليد.
في هذا الصدد يجب ذكر الخبرة العالية في مجال المسالك البولية للأطفال وجراحة الاستبناء في حالة تشوهات الأعضاء التناسلية، وإضطرابات الاختلاف الجنسي وفي علاج الأطفال المصابين بتشوهات معقدة في أعضاء التحكم في البول (إنقلاب المثانة للخارج، رتق الشرج، تشوهات فتحة
الشرج). الأطفال المصابين بتشوهات معقدة في أعضاء التحكم في البول لا يأتون للعلاج في مستشفى الأطفال في كولون من سائر أنحاء ألمانيا فقط بل أيضاً من الخارج
تخصص دولي آخر بالتعاون مع أخصائي تخدير الأطفال وأطباء الأنف والأذن والحنجرة هو علاج الأطفال المصابين برتق المرئ وأمراض المرئ والرغامي.